めぐみ幼稚園の母体は同じ敷地に建つ日本基督教団今治教会です。
この教会は1879年（明治12）に設立された四国最古のプロテスタント教会で、京都・同志社を卒業し た横井時雄（横井小楠子息）を初代牧師として以来130年余の歴史を刻み、信徒には今治の産業を興した人々を含みます。1941年には関西学院系のメソジスト教会と合併しました。 

　戦前は今治港に、全市に洋鐘の響きを伝える鐘楼付きの教会堂を持っていましたが、空襲で消失後、現在の南宝来町の広い土地を与 えられて新会堂を建てると共に、1951年（昭和26）には幼稚園を開設したのでした。爾来、自由・独立（同志社）の気風 と、敬虔（関学）な気風が相俟った伝統の下、めぐみの園で遊ぶ子どもたちをよい香りを放つ花へと育ててきました。